Wenn Leistungsverrechnungen zwischen Gruppengesellschaften nicht so erfolgen, wie dies zwischen unabhängigen Dritten der Fall wäre, ergibt sich steuerrechtlich eine verdeckte Gewinnausschüttung 1) mit entsprechenden Steuerfolgen. Besonders belastend ist dabei die Verrechnungssteuer von 35%, die gemäss Art. 25 Abs. 1 VStG verwirkt bzw. nicht mehr zurück gefordert werden kann, weil die entsprechenden "verdeckten Beteiligungserträge" bei der empfangenden Gesellschaft nicht ordnungsgemäss als Ertrag auf beweglichem Kapitalvermögen (Beteiligungsertrag, Zinsen, etc.) verbucht sind, sondern als Teil des normalen Betriebsertrags ausgewiesen werden.
Um spätere Probleme vermeiden zu können, müssen gruppeninterne Verrechnungspreise betriebswirtschaftlich dokumentiert werden. Dabei gilt immer der Grundsatz, dass steuerbare Gewinnmargen einem Drittvergleich standhalten müssen. Je nach Situation empfiehlt sich auch die angewendeten Verrechnungspreise oder Methoden von den zuständigen Steuerbehörden mittels Vorausbescheid (Ruling) genehmigen zu lassen.
Bei Transaktionen mit Auslandgesellschaften ist auch immer die Optik des ausländischen Fiskus zu beachten.
Besteuert schliesslich ein ausländischer Fiskus Gewinnsubstrat, dass auch schon in der Schweiz versteuert wurde und ergibt sich so eine Doppelbesteuerung, kann unter Umständen mit Einleitung eines sogenannten Verständigungsverfahrens zwischen den Vertragsstaaten des Doppelbesteuerungsabkommens eine Korrektur der Doppelbesteuerung erwirkt werden.
1) Anknüpfungspunkt dazu ist Art. 58 Abs. 1 Bst. b DBG, wonach sich der steuerbare Reingewinn eines Unternehmens auch aus Teilen des Geschäftsergebnisses zusammensetzt, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet werden. Dabei werden insbesondere auch "offene und verdeckte Gewinnausschüttungen und geschäftsmässig nicht begründete Zuwendungen an Dritte" erwähnt.