Beim Ertragswertverfahren wird, ausgehend von betriebswirtschaftlich bereinigten Vergangenheitsergebnissen und Budgets, der nachhaltig mögliche zukünftige Gewinn ermittelt. Dieser wird mit einem risikoangemessenen Renditezinsfuss kapitalisiert. Je höher das unternehmerische Risiko beurteilt wird, desto höher muss auch die entsprechende Zielrendite sein und desto tiefer wird folglich der kapitalisierte Unternehmens- bzw. Investitionswert. Ist der ermittelte Unternehmenswert höher als der Substanzwert, resultiert in der Differenz zwischen Ertrags- und Substanzwert ein rechnerischer Goodwill (Geschäftsmehrwert).
Beim Discounted-Cash-Flow Verfahren (DCF-Methode) erfolgt die Ermittlung des Unternehmenswertes durch Diskontierung aller aus unternehmerischer Tätigkeit resultierenden zukünftigen frei verfügbaren Überschüssen an flüssigen Mittel (Free-Cash-Flows). Das Verfahren stimmt in der Grundidee mit dem Ertragswertverfahren überein, wobei jedoch zukünftige Investitionen und der unterschiedliche „Rückflussanfall“ genauer, und nach dem finanztheoretischen Modell der Investitionsrechnung, berücksichtigt werden.
Die Ermittlung des zukünftigen freien Cash-Flows erfolgte mittels „vollständiger Finanzplanung“, die ausgehend von Planerfolgsrechnungen und -Bilanzen den zukünftig frei verfügbaren Cash-Flow im Modell projiziert. Bei einfacheren Verhältnissen kann der zukünftige Cash-Flow auch nur über Planerfolgsrechnungen ermittelt werden.
Bei der DCF-Methode wird zwischen dem Detail-Planungshorizont (mindestens 5 Jahre) und einem geplanten Endwert unterschieden. Der Barwert des Endwertes ist meistens höher als der Barwert des Detail-Planungshorizontes, was an dieser Methode auch bemängelt wird.
Der Substanzwert basiert auf möglichst genauen Werten der betriebsnotwendigen Aktiven abzüglich betriebsnotwendigen Passiven und langfristigen Finanzschulden. Der Marktwert von einzelnen Vermögensgegenständen ist dabei nicht unbedingt relevant, denn das Geschäftsvermögen bildet eine dynamische Einheit und ergibt einen Wert in der Summe und Kombination der einzelnen Elemente und dies immer im Fokus der unternehmerischen Wertschöpfung bzw. der Wertschöpfungsprozesse und Ertragsgenerierung. Man geht deshalb bei den Aktiven, die nicht einen direkt absatzmarktbezogenen Wert haben (wie z.B. die unternehmerischen Sach- und Produktionsanlagen) von einem Wiederbeschaffungswert aus, den man meistens vereinfacht über die in der Vergangenheit getätigten Investitionen abzüglich Abschreibungen, entsprechend der wirtschaftlicher Nutzdauer, ermittelt. Der Substanzwert wird unter der Prämisse der Unternehmensfortführung ermittelt und ist im Normalfall höher als der Liquidationswert, welcher die Wertuntergrenze darstellt.
Bei Anwendung einer betriebswirtschaftlich orientierten Rechnungslegungsnorm, wie z.B. Swiss GAAP FER, entspricht der Substanzwert grundsätzlich dem gemäss Bilanz ausgewiesenen Eigenkapital.
Bei einer rein handelsrechtlichen und nach steuerlichen Möglichkeiten optimierten Rechnungslegung, ist das in der Bilanz ausgewiesene Eigenkapital in der Regel niedriger als das effektive Eigenkapital bzw. der Substanzwert. Auf der Bewertungsdifferenz, welche auch als „stille Reserven“ bezeichnet wird, sind in diesem Fall die latenten Steuern zu berücksichtigen.
Der Substanzwert sollte bei jeder Unternehmensbewertung mindestens als Kontroll- oder Plausibilisierungswert ermittelt werden. Nicht betriebsnotwendige Substanz (z.B. eine nicht betriebliche Liegenschaft) muss bei jeder Bewertungsmethode ausgeschieden und gesondert zum Marktwert bewertet werden.
Bei der Praktiker- oder Mittelwertmethode wird der Unternehmenswert über eine Vermischung des Ertrags- und Substanzwertes bestimmt. Bei einer Gewichtung von 1 zu 1 und Vorhandenseins eines rechnerischen Goodwills – Differenz zwischen Substanz- und einen höheren Ertragswert – wird dieser so um 50% gekürzt. Mit diesem Vorgehen wird gewissermassen eine Neutralisierung der dynamischen Wunschvorstellungen (Umsatzpläne, Budgets, etc.) mit den statischen Fakten (Substanzwert) erreicht. Der rein aus der Theorie der Investitionsrechnung zwar nicht nachvollziehbare Mittelwert wird so in der Praxis als vernünftiger Kompromisswert wahrgenommen. Beispielsweise bei familieninternen Nachfolgelösungen braucht es oft einen Wert, damit man „einfach“ einen Wert hat. In solchen Fällen macht die Praktikermethode durchwegs Sinn.
Die Praktikermethode wird in der Schweiz auch zur Ermittlung des massgebenden Vermögenssteuerwerts von Gesellschaftsanteilen im Besitz von natürlichen Personen angewendet. Bei der steuerlichen Bewertungsrichtlinie wird der Ertragswert zweimal und der Substanzwert einmal gewichtet.